مشکلات این قطارهای دوطبقه شامل نداشتن جای پا برای تعدادی از صندلی‌ها، گرانی بلیت، مدت زمان رسیدن به مقصد، تعداد پله‌های ورودی سالن، کوچک بودن فضای صندلی‌ها و... است که خستگی سفر را برای مسافران این وسیله نقلیه دو چندان می‌کند.
مشکل دسترسی جانبازان و معلولان
علی اولیاء نسب یکی از جانبازان دفاع مقدس که مسافر این قطار است درباره مشکلات قطارهای دوطبقه مسیر تهران - یزد به خبرنگار ما می‌گوید: تعداد پله‌های قطارهای دوطبقه بیشتر از تعداد پله‌های قطار قدیمی است. وی می‌افزاید: در هیچ واگن این نوع قطارها برای عبور جانبازان و معلولان امکاناتی فراهم نشده و از همه مهم‌تر پله ورودی هر واگن بسیار بلند است و مسافرانی که سن و سال زیادی دارند با کمک دیگر مسافران باید سوار شوند چه برسد به جانبازان و معلولان. صادق شریعتی یکی از مشاوران یک کارخانه نساجی است که هرهفته برای سفر به شهر یزد با قطار به این شهر سفر می‌کند. وی به خبرنگار ما می‌گوید: سال گذشته از یزد به تهران و برعکس 4 قطار کوپه‌ای با بلیت بسیار ارزان مسافران را جابه‌جا می‌کردند اما به تازگی تنها یک قطار کوپه‌ای در این مسیر فعالیت می‌کند. وی تاکید می‌کند: قطارهای دوطبقه‌ای که به تازگی در این مسیر راه‌اندازی شده، بسیار آهسته حرکت می‌کنند.
اعتراض به استانداری
یکی از مسافران این قطار دوطبقه، می‌گوید: به همراه دخترم بلیت تهیه کردیم اما بعد از سوار شدن به قطار متوجه شدیم که شماره صندلی من و دخترم در کنار هم قرار نگرفته است.
حاجی غلامی می‌افزاید: تعداد دیگری از مسافران نیز که خانوادگی بلیت تهیه کرده بودند، با همین مشکل مواجه بودند و حتی برای تعدادی از آنها یک یا چند بلیت در طبقه بالا و برای بقیه در طبقه پایین جا تعیین شده بود.
این شهروند یزدی یاد آور می‌شود: مسافران برای اطلاع مسئولان از مشکلات این قطار، اعتراض خود را به شکل کتبی و با امضای بیش از 100نفر به استانداری یزد ارسال کرده‌اند.
واگن‌های مترو یا قطار
یکی دیگر از مسافران قطار دوطبقه می‌گوید: زیر پایی تعدادی از صندلی‌های این قطارها کنده شده یا اصلا نصب نشده است. محمدی می‌افزاید: این قطار بیشتر به واگن‌های متروی تهران- کرج شباهت دارد، البته صندلی‌های واگن‌های قطار تهران - کرج بزرگ‌تر و راحت‌تر است.
این مسافر قطار یاد آور می‌شود: اگر قبل از تصمیم نهایی برای فعالیت این قطارها که شباهت زیادی به واگن‌های مترو دارد، به شکل آزمایشی یکی از آنها را در یک مسیر کوتاه مورد استفاده قرار می‌دادند و سپس درصورت موفق بودن، این طرح را در مسیر یزد به تهران به‌عنوان یک مسیر طولانی عملیاتی می‌کردند، بهتر بود. یکی دیگر از این مسافران که مسافرت با این قطار را دردسر جدید سفر عنوان می‌کند، می‌گوید: با ورود این قطارها در خط راه آهن مسیر یزد به تهران بهتر است به سراغ اتوبوس برویم، چرا که هم هزینه سفر با اتوبوس از این قطارها کمتر است وهم اینکه تغذیه‌ای نیز در اتوبوس‌ها بین مسافرین توزیع می‌شود و از همه مهم‌تر اتوبوس زود‌تر از این قطار‌هایی که شبیه واگن مترو است، به مقصد می‌رسد.
علی اکبر معتمدی می‌افزاید: از مسئولانی که این قطارها را برای مسیر یزد به تهران درنظر گرفته‌اند، درخواست می‌کنیم یک بار، خودشان با این قطارها سفر کنند و ببینند که 8 ساعت نشستن روی این صندلی‌ها چه طور باعث کوفتگی بدن می‌شود. این در حالی است که زمان حرکت این نوع قطارها شب است و مسافران نیاز به خوابیدن دارند.
وی معتقد است که ساخت واگن یا خرید واگن کار سختی نیست بلکه راه‌اندازی و تهیه لکوموتیو مهم است و مسئولان تلاش کنند در این زمینه اقداماتی انجام دهند.
واگن‌های مدرن روز
عبدالعلی صاحب محمدی مدیرعامل راه‌آهن کشور واگن‌های دو طبقه را دارای سالن‌های لوکس، مطلوب و مبله و جزو واگن‌های به روز راه‌آهن کشور معرفی کرده است. معاون وزیر راه و شهرسازی با بیان اینکه ظرفیت این واگن‌های دوطبقه از واگن‌های یک‌طبقه بیشتر است، یاد آور شده است: سیستم تهویه و سرمایش و گرمایش این واگن‌ها کاملا نوین است.
صاحب محمدی با بیان اینکه این واگن‌ها از کشور چین تهیه شده است، خاطرنشان کرد: ورود این واگن‌های چینی مربوط به قرارداد سال‌های قبل بوده که هم‌اکنون عملیاتی شده است. وی با اشاره به اینکه جمع کل واگن‌های دوطبقه که قرار است از چین وارد کشور شود، 50 دستگاه است گفت: این واگن‌های دوطبقه از سوی دولت خریداری شده و به شرکت رجاء واگذار می‌شود.
